국가과학기술위원회는 과학기술발전 중장기 계획의 수립, 주요 과학기술정책 및 사업에 관한 관계 부처간 역할 분담 및 협조체제 구축, 국가연구개발사업의 조사•분석•평가에 기반한 국가연구개발사업예산의 배분 및 조정 등을 담당하고 있다. 

대통령이 위원장인 국가교육과학기술자문위원회의의 전문성을 지원하는 역할을 담당하는 국가과학기술위원회 전문위원회는 과학기술정책전문위, 지식재산전문위, 거대기술전문위, 국가주도기술전문위, 사회기반기술전문위, 주력기간산업기술전문위, 첨단융복합기술전문위를 포함한 7개의 전문위원회로 구성되어 있고, 각 전문위는 10여명의 관련과학기술계 위원으로 구성되어 있으며, 위원의 임기는 2년이다.