과학기술정보통신부고시 제2025-6호
  국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 일부를 다음과 같이 개정한다.
    2025년 2월 19일
        과학기술정보통신부장관

국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 일부개정고시

국가연구개발사업 연구개발비 사용 기준 일부를 다음과 같이 개정한다.

제2조제8호 중 "한국산업기술평가관리원"을 "한국산업기술기획평가원"으로 하고, 같은 조에 제21호를 다음과 같이 신설한다.
  21. "원래계획"이란 연구개발과제의 협약 체결 당시 연구개발계획서를 말한다. 단, 제73조제1항 각 호에 따라 중앙행정기관의 장의 사전 승인을 받아 연구개발비 사용계획이 변경된 경우에는 그 변경된 계획을 말한다.

제15조에 제5호를 다음과 같이 신설한다.
  5. 참여연구자 또는 연구지원인력의 「남녀고용평등과 일ㆍ가정 양립 지원에 관한 법률」제19조에 따른 육아휴직 기간 동안의 4대보험의 기관부담금 및 퇴직급여충당금

제20조 중 "한국산업기술평가관리원"을 "한국산업기술기획평가원"으로 한다.

제22조제4항제1호 중 "비용"을 "비용(시험분석결과서 발행 비용 포함)"으로 한다.

제23조제3항 중 "연구장비"를 "연구시설ㆍ장비"로 하고, 같은 조 제4항 중 "장비 또는"을 "연구시설ㆍ장비 또는"으로, "장비는"을 "연구시설ㆍ장비는"으로, "장비의 공동활용여부"를 "연구시설ㆍ장비의 공동활용여부"로 하며, 같은 조 제5항의 단서를 삭제하고, 같은 항 제1호 중 "연구개발과제의 경우 또는 법률로 직접 설립된 연구개발기관이 법 제4조에 따른 기본사업 연구개발과제를 수행하는"을 "연구개발과제로서 중앙행정기관의 장이 인정하는"으로 하고, 같은 항 제2호 및 제3호를 각각 제3호 및 제4호로 하며, 같은 항에 제2호를 다음과 같이 신설하고, 같은 항 제3호(종전의 제2호) 중 "발생한"을 "발생하여 중앙행정기관의 장이 인정하는"으로 하며, 같은 항 제4호(종전의 제3호) 중 "제1호 및 제2호"를 "제1호부터 제3호"로 하고, 같은 조에 제6항을 다음과 같이 신설한다.
  2. 다른 법률에 따라 직접 설립된 기관의 기본사업 연구개발과제를 수행하는 경우 : 연구개발과제의 종료일
  ⑥ 제5항 각 호에도 불구하고 중앙행정기관의 장이 인정하는 경우에는 연구시설ㆍ장비의 구축이 완료되는 단계의 종료일을 제5항 각호에 따른 연구개발과제의 종료일로 적용할 수 있다.

제24조 중 "자산등록가"를 "구입가"로 한다.

제25조제3항을 삭제하고, 같은 조 제6항 각 호 외의 부분 단서를 삭제하며, 같은 항 제2호 중 "큰 금액에 따라"를 "선택하여"로 하며, 같은 조에 제17항을 다음과 같이 신설한다.
  <17> 제2항, 제6항 및 제15항에도 불구하고 정부출연기관이 수행하는 기본사업의 경우에는 정부출연기관의 장의 인정으로 중앙행정기관의 장의 인정을 갈음할 수 있다.

제26조제1항제3호 중 "경우 연구개발과제 협약 체결 당시"를 "경우"로 하고, 같은 조 제2항 전단 중 "연구개발과제의 협약 체결 당시 연구개발계획서(이하 "원래계획"이라 한다)와 다르게 변경된"을 "변경된"으로 하며, 같은 조 제7항제1호 중 "수정인건비가 원래계획보다 감액된 경우에 감액된"을 "영 제20조제1항에 따른 연구개발비 사용용도와 법 제13조제4항에 따른 연구개발비 사용기준에 적합하게 사용한 것으로 중앙행정기관의 장에 의해 인정된"으로 한다.

제27조제2항 중 "기본사업에 한하여 이사회의 승인을 받는 경우에는"을 "정부출연기관이 수행하는 기본사업에 한하여"으로 한다.

제30조 제목 외의 부분을 제1항으로 하고, 같은 조에 제2항을 다음과 같이 신설한다.
  ② 연구개발기관의 장은 참여연구자가 육아휴직으로 연구개발과제에 참여하지 않는 기간 동안에만 제15조제5호에 따른 참여연구자에 대한 4대보험의 기관부담금 및 퇴직급여충당금을 계상할 수 있다.

제34조제2항을 다음과 같이 한다.
  ②  영 제19조제4항에 따라 정부출연기관이 연구개발비를 부담하거나 그 외 기관ㆍ단체ㆍ개인이 연구개발비를 지원하려는 경우에는 해당금액을 중앙행정기관의 장이 정하는 기한까지 중앙행정기관에 납부하여야 한다. 다만, 중앙행정기관의 장이 별도로 기한을 정하지 않은 경우 연도별 연구개발기간이 종료되기 3개월 전까지 납부해야 한다.

제38조 단서 중 "제68조제1항"을 "제68조제1항부터 제3항"으로 한다.

제39조제4항에 제3호를 다음과 같이 신설하며, 같은 조 제10항 중 "금액과 인건비계상률"을 "금액"으로 한다.
  3. 영리기관 소속 임직원(단, 중앙행정기관의 장이 인정하는 경우는 제외한다)

제40조제1항의 계산식을 다음과 같이 한다.


제40조제7항 중 "그 금액과 학생인건비계상률"을 "그 금액"으로 한다.

제40조제10항 중 "소속"을 "소속 학생연구자에게 지급한"으로 하고, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
  단, 다른 연구개발기관의 인건비 또는 학생인건비 지급액에 따라 월별 총인건비계상률이 90퍼센트를 초과하는 경우에는 그러하지 아니한다.

제48조제4항에 제3호를 다음과 같이 신설하고, 같은 조 제8항 중 "금액과 인건비계상률"을 "금액"으로 한다.
  3. 영리기관 소속 임직원(단, 중앙행정기관의 장이 인정하는 경우는 제외한다)

제60조제2항을 다음과 같이 한다.
  ②  영 제19조제1항에 따라 영리기관이 연구개발비를 부담하거나 그 외 기관ㆍ단체ㆍ개인이 연구개발비를 지원하려는 경우에는 해당금액을 중앙행정기관의 장이 정하는 기한까지 부담을 완료해야 하며, 중앙행정기관의 장이 별도로 기한을 정하지 않은 경우 연도별 연구개발기간이 종료되기 3개월 전까지 부담을 완료해야 한다.

제64조제3항 중 "영리연구개발기관"을 "영리기관"으로 한다.

제65조제9항 중 "금액과 인건비계상률"을 "금액"으로 한다.

제66조제1항 전단 중 "후"를 "후 영리기관의 자체재원으로"로 한다.

제67조 중 "시약ㆍ재료"를 "시약ㆍ재료 또는 연구개발과제가 시작된 후 영리기관의 자체재원으로 구입한 시약ㆍ재료"로 한다.

제68조제1항 전단 중 "전에"를 "전 또는 연구개발과제가 시작된 후에 영리기관의 자체재원으로"로 하고, 같은 조 제2항 및 제3항을 각각 제4항 및 제5항으로 하며, 같은 조에 제2항 및 제3항을 각각 다음과 같이 신설한다.
  ② 영리기관의 장은 연구개발과제가 시작되기 전 구입ㆍ임차한 소프트웨어(영리기관이 개발한 소프트웨어 및 사무용 소프트웨어는 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 연구개발과제가 시작된 후 영리기관의 자체재원으로 구입ㆍ임차하고 있는 소프트웨어에 대하여 소프트웨어 활용비를 구입가의 20퍼센트 내에서 현물로 계상하여야 한다. 이 경우 소프트웨어 구입 완료일이 연구개발과제 시작일로 부터 5년 이내이어야 하고, 영리기관의 자체규정에 따라 계상된 내용연수 만료일이 현물로 계상한 연도의 말일 이후이어야 한다.
  ③ 하나의 소프트웨어에 대하여 여러 개의 연구개발과제에서 제2항에 따라 현물로 계상한 경우에 그 금액의 합이 해당 소프트웨어의 구입가를 초과하여서는 아니 된다.

제69조에 제4항을 신설하고, 같은 항에 제1호 및 제2호를 다음과 같이 신설한다.
  ④ 영리기관의 장은 다음 각호에 해당하는 자의 육아휴직기간동안 4대보험의 기관부담금 및 퇴직급여충당금을 계상하려는 경우 해당 연구개발과제의 간접비로 계상하여야한다.
    1. 연구개발과제에서 인건비를 지급받는 연구지원인력
    2. 제65조 제4항 각호에 따른 연구개발과제의 참여연구자

제80조제9항 중 "본다."를 "추정한다."로 하고, 같은 항에 단서를 다음과 같이 신설한다.
  다만, 중앙행정기관의 장은 연구개발기관의 현물부담 금액이 제1항에 따라 적정하게 사용되었음을 확인하기 위한 경우 또는 제출받은 현물부담 확인서에 오류나 누락이 있다고 판단되는 경우에는 제81조에 따른 방법으로 정산을 실시할 수 있다.

제83조제1항제1호의 계산식을을 다음과 같이 한다.


제87조제2항 본문을 다음과 같이 변경한다.
  학생인건비통합관리기관의 장은 다음 각 호로 구분되는 학생인건비통합관리계정을 병행 설정하여야 한다.
  1. 각 목의 어느 하나 이상의 연구개발기관계정
    가. 기관(대학의 경우 산학협력단) 단위로 관리하는 연구개발기관 전체 계정
    나. 단과대학, 학과, 연구부서 등의 단위로 관리하는 연구개발기관 세부 계정(다만, 연구책임자계정이 설정되어 있거나 설정 예정인 소속 전임교원 의 80퍼센트 이상이 동의하는 경우 설정할 수 있다)
  2. 연구책임자 단위로 관리하는 연구책임자계정

제90조제1항 중 "90일 이내에"를 "90일 이내 또는 해당 연차 연구개발기간 종료일 중 먼저 도래하는 날까지"로, "연구책임자계정으로 이체하여야 하며,"를 "연구책임자계정 또는 연구개발기관계정으로 이체하여야 한다. 다만,"으로 "전체 금액을 이체 완료하여야 한다."를 "해당 과제에서 계상한 학생인건비는 해당 연차 연구개발기간 종료일까지 전액 이체 완료하여야 한다"로 한다.  

제90조제3항 중 "제1항"을 "제1항 및 제2항"으로, "연구책임자계정으로"는 "연구책임자계정 또는 연구개발기관계정으로"로, "사용실적보고서등"을 "해당 단계에 등록된 학생연구자가 있을 때 사용실적보고서등"으로 한다.

제91조제4항 중 "필요한 금액을…이체하여야 한다."를 "해당 학생연구자의 개인계좌로 이체하여야 하며, 필요한 금액을 다른 학생인건비통합관리계정으로부터 해당 연구개발기관계정으로 이체 또는 계정대체할 수 있다"로, 제10항 중 "학생연구자의 졸업일이 포함된 월의 말일까지 학생인건비"를 "학생연구자의 졸업일이 포함된 월 말일까지의 학생인건비"로 한다.

제91조의2를 다음과 같이 신설한다.
제91조의2(학생인건비 잔액의 사용) ① 학생인건비통합관리기관의 장은 연구책임자계정(학생연구자가 연구책임자인 계정은 제외한다.)에서 당해 연도 12월 31일 기준 다음 계산식에 해당하는 금액 이상을 연구개발기관계정으로 즉시 이체 또는 계정대체하여야 한다.

  ② 학생인건비통합관리기관의 장은 당해 연도 휴직이나 교육ㆍ지도, 학문연구 또는 산학협력만을 전담한 연구책임자의 연구책임자계정의 경우 제1항의 당해 연도를 휴직이나 교육ㆍ지도, 학문연구 또는 산학협력만을 전담하지 아니한 가장 최근 연도로 본다.
  ③ 학생인건비통합관리기관의 장은 제1항 또는 제2항에 따른 금액을 이체 또는 계정대체할 연구개발기관계정이 없는 연구책임자계정의 해당 금액을 과학기술정보통신부장관에게 매년 1월 31일까지 반납하여야 한다.

제94조제1항제1호 중 "과제"를 "과제의 학생인건비부당회수"로 하고, 제2호 "연구책임자계정으로"를 "학생인건비통합관리계정으로"로 한다.

제94조제3항 및 제6항을 삭제한다.

제95조제1항제2호의 계산식을 다음과 같이 한다.


제95조 제2항부터 제4항까지를 다음과 같이 개정하여 제4항부터 제5항까지로 하고 제5항은 다음과 같이 개정하여 제2항부터 제3항까지로 한다.
  ② 학생인건비통합관리기관의 장은 법 제12조제3항 또는 제15조제1항에 따라 연구개발과제의 협약이 해약되거나 연구개발과제가 중단된 경우 해당 연구책임자계정의 잔액 중 다음의 계산식에 따라 계산한 금액을 소관 중앙행정기관의 장에게 반납하여야 한다. 다만, 연구책임자계정의 잔액이 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 미만인 경우에는 연구책임자계정 잔액 전부를 소관 중앙행정기관의 장에게 반납하여야 한다.

  ③ 학생인건비통합관리기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하여 연구개발과제의 협약이 해약되거나 연구개발과제가 중단된 경우 제2항에 따라 소관 중앙행정기관의 장에게 반납하여야 하는 금액을 연구개발기관계정으로 이체 또는 계정대체할 수 있다.
  1. 연구개발과제의 단계평가 결과가 영 제17조제1항제2호에 해당하는 경우
  2. 법 제15조제1항 제3호, 제4호, 제6호 중 어느 하나에 해당하는 사유로 특별평가를 거친 경우
  ④ 학생인건비통합관리기관의 장은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 연구책임자계정의 잔액을 연구개발기관계정으로 이체 또는 계정대체할 수 있다.
  1. 수행 중인 연구개발과제가 없는 경우
  2. 계정책임자가 법 제32조제1항에 따라 참여제한을 받은 경우
  3. 제1항 또는 제2항에 따른 이체 또는 계정대체 후 잔액이 있는 경우
  ⑤ 제4항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 연구개발기관계정이 아닌 연구책임자계정으로 이체 또는 계정대체할 수 있다.
  1. 계정책임자가 다른 학생인건비통합관리기관으로 소속을 변경하는 경우
  2. 학생인건비통합관리기관의 장이 정하는 바에 따라 신진연구자 등을 지원하는 경우

제95조제6항을 다음과 같이 개정한다.
  ⑥ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 연구개발기관계정의 잔액은 다른 학생인건비통합관리계정으로 이체 또는 계정대체하거나 중앙행정기관의 장에게 반납하는 금액에서 제외한다.
  1. 연구책임자의 소속 변경으로 해당 연구책임자가 수행 중인 연구개발과제가 다른 기관ㆍ단체로 연구개발기관이 변경되거나 같은 연구개발기관 내 다른 연구자로 연구책임자가 변경된 경우
  2. 계정책임자가 법 제32조제1항에 따라 참여제한을 받은 경우
  3. 법 제12조제3항 또는 제15조제1항에 따라 연구개발과제의 협약이 해약되거나 연구개발과제가 중단된 경우

제96조 중 "학생인건비의 이자"를 "학생인건비통합관리 전용 계좌의 이자"로, "다른 학생인건비통합관리계정으로 이관하여 학생인건비를"을 "학생인건비통합관리 전용 계좌에서 발생한 이자를 특정 학생인건비통합관리계정에 적립하여 학생인건비로" 한다.

제106조제3항제1조 중 "연구시설장비비"를 "연구시설ㆍ장비비"로 한다.

별표 2를 붙임과 같이 한다.
별표 3을 붙임과 같이 한다
별지 제2호, 제6호, 제8호 제9호, 제17호, 제21호 서식을 붙임과 같이 한다.
[별지 생략]

          부칙
제1조(시행일) 이 고시는 발령한 날부터 시행한다. 다만, 제94조제6항의 개정규정은 2026.1.1.부터 시행한다.
제2조(적용례) 제94조제6항의 직전년도가 2024년일 때까지 종전의 규정을 적용할 수 있다.

◇ 개정이유
  2024년도 국가연구개발 행정제도개선(안)에 따른 행정제도 개선사항을 반영하고 관련 문구 정비 및 명확화 등 추가 개정사항을 반영하기 위하여 연구개발비 사용기준을 개정하고자 함.

◇ 주요내용
  가. 기관 명칭 변경에 따른 문구 정비(안 제2조, 안 제 20조)

  나. "원래계획"의 의미 규정(안 제2조)
    "협약 변경시 용어 해석에 대한 혼선을 방지하기 위하여 "원래계획"의 의미를 명확하게 정의하고자 함"

  다. 인력지원비 사용용도에 육아휴직자 퇴직급여충당금 및 4대보험 기관부담금을 추가(안 제15조, 안 제 30조, 안 제69조)
    "육아휴직 기간동안 연구기관이 부담해야 하는 퇴직급여충당금 및 4대보험료를 간접비를 사용하여 납부할 수 있도록 허용하고 관련 규정을 정비하고자 함"

  라. 연구개발비 공통 인정기준에 시험 분석서 발행 비용 명시(안 제22조)
    "시험분석서 발행 비용을 과제 종료 이후 사용실적 보고일까지 사용이 가능하도록 인정하고자 함. "
  마. 연구시설ㆍ장비 관련 문구 통일(안 제23조)
    "타법령과 동일하게 연구장비에서 연구시설ㆍ장비로 표현을 통일함. "

  바. 연구시설ㆍ장비비 계상 기간 변경 (안 제23조)
    "국가연구개발 과제에서 여러 단계를 걸쳐 연구시설ㆍ장비를 구축하는 경우에도 연구비 계상이 가능하도록 규정을 변경하고자 함. "

  사. 연구재료비의 구입가 관련 문구 통일(안 제24조)
    "동 고시 제23조와 문구를 통일함."

  아. 연구활동비 계상시 적용 여비 규정 관련 문구 정비(안 제25조)
    "연구활동비 계상시 연구개발기관의 자체 규정과 공무원 여비 규정 중 선택하여 계상이 가능하도록 변경하고자 함"

  자. 출연연 기본사업의 연구활동비 공통 사용기준 변경 (안 제25조)
    "출연연 기본사업에서 외부 전문기술 활용비, 파견 관련 비용, 해외연구자 유치 지원비 계상 시 정부출연기관의 장이 인정으로 중앙행정기관의 장의 인정을 갈음하도록 함"

  차. 연구수당 계상시 미지급인건비 변경 관련 기준 변경(안 제26조)
    "연구수당 계상시 미지급인건비를 협약 체결 이후 협약변경(통보)로 변경가능함을 명확히 함"

  카. 연구수당 산정 관련 불필요한 문구 삭제 및 변경(안 제26조)
    "단계시작 시점의 수정인건비를 기준으로 재산정할 수 있는 연구수당의 특성을 고려하여 제2항 일부 문구를 삭제하고, 연구수당 산정시 적용 시점에 대한 오해를 해소하기 위해 제7항 문구를 수정하고자 함."

  타. 위탁연구개발비 사용 기준 관련 인정요건 완화(안 제27조)
    "출연연 기본사업의 위탁연구개발비 사용시 승인 요건을 이사회 승인 에서 출연기관의 장의 인정으로 완화하고자 함 "

  파. 기관부담연구개발비 납부기한 요건 수정(안 제34조, 안 제60조)
    "기관부담연구개발비 부담시 납부기한을 중앙행정기관의 장이 인정하는 경우  변경할 수 있게 하여 유연화하고자 함"

  하. 연구목적 소프트웨어 활용비의 현물 계상 허용(안 제38조, 안 제68조)
    "연구개발기관이 구입 또는 임차하여 연구목적으로 사용하는 소프트웨어는 현물 계상 인정하여 연구개발과제에 사용되는 자산을 현물 계상시 반영할 수 있도록 함"

  거. 대학ㆍ정부출연기관ㆍ영리기관의 인건비 사용기준 변경(안 제39조, 안 제48조, 안 제65조)
    "관련 매뉴얼 등에서 허용하지 않던 영리기관 소속 임직원의 인건비 현금 계상을 사용기준에서 명확화하고 연구개발기관에서 외부참여연구자 소속 기관에 인건비계상률 통보 의무를 삭제하여 행정 부담을 완화하고자 함"

  너. 대학 인건비 사용기준 변경(안 제48조)
    "관련 매뉴얼 및 조문 해석시 허용하지 않던 영리기관 소속 임직원의 인건비 현금 계상을 사용기준에 포함하여 명확화함"

  더. 영리기관 관련 문구 정비(안 제64조)

  러. 영리기관의 연구시설ㆍ장비비 사용기준 변경(안 제66조)
    "영리기관이 연구시설ㆍ장비의 구입ㆍ설치비를 현물 계상시 자체재원으로 구입ㆍ임차ㆍ사용대차한 연구시설ㆍ장비에 한하여 계상하도록 명확화 함"

  머. 영리기관의 연구재료비 및 연구활동비 사용기준 변경(안 제67조, 안 제68조)
    "과제 시작 후 구입에 사용된 연구재료 구입비 및 기술 도입에 사용된 기술도입비의 현물 계상이 가능함을 명확화 함"

  버. 문구 정비(안 제83조)
    "연구개발비 회수 시 현물 부담액 산출식의 일부 문구의 근거 법령 변경 등을 통해 산출식을 명확화 함"

  서. 학생인건비 연구개발기관계정 병행 설치(안 제87조)
    "학생인건비통합관리를 위한 연구개발기관 전체 계정과 더불어 단과대학ㆍ학과 등 세부 계정을 병행 설치할 수 있도록 하여 제도 운영의 유연성을 제고함"

  어. 학생인건비 잔액 사용방식(안 제91조의2조)
    "연구책임자계정 잔액의 일부를 연구개발기관계정으로 이관하여 연구개발기관계정의 계정책임자가 활용할 수 있도록 함"

  저.  문구 정비(안 제106조)